Шестой сезон «Остаться в живых» — финальный акт эпопеи, разделённый на две параллельные реальности. В первой, продолжающей события пятого сезона, выжившие после взрыва водородной бомбы на станции «Лебедь» оказываются в 2007 году, но их прошлые перемещения во времени изменили историю. Джек, Кейт, Сойер и другие возвращаются на Остров, где сталкиваются с Хранителем — Джейкобом, который объясняет, что их судьбы связаны с Островом как с источником света, не позволяющим злу вырваться наружу. Главный антагонист — Человек в чёрном (Локк-оборотень), который пытается уничтожить Остров, используя кандидатов. Герои делятся на лагеря: одни защищают Остров, другие стремятся покинуть его. В ходе сюжета раскрываются тайны Храма, числ 4, 8, 15, 16, 23, 42 и станции Дхармы. Ключевые эпизоды — гибель Джека в борьбе с Человеком в чёрном, смерть Сун и Джина, жертва Сойера и Кейт, покидающей Остров на самолёте.
Вторая реальность — альтернативная история, где рейс 815 не потерпел крушение, и герои живут обычной жизнью в Лос-Анджелесе. Но постепенно они начинают вспоминать свои жизни на Острове через мистические «вспышки» — моменты осознания, когда прошлое пересекается с настоящим. В финале сезона выясняется, что эта реальность — чистилище или «место перехода», где души умерших героев (включая тех, кто погиб на Острове в разное время) воссоединяются перед тем, как двинуться дальше. Джек встречает отца, Кристиана Шепарда, который объясняет, что они создали это пространство, чтобы найти друг друга и завершить свои незаконченные дела. Последняя сцена — церковь, где собираются все главные герои: Джек, Кейт, Сойер, Хёрли, Десмонд, Сун, Джин, Чарли, Клер, Майкл, Уолт, Бун, Шеннон, Локк, Бен, Ричард, Илана и другие. Они обнимаются, осознавая, что их путешествие было не только выживанием, но и путём к искуплению. Финал оставляет открытый вопрос: что есть жизнь после смерти? Сезон завершает историю эмоциональным катарсисом, подчёркивая важность веры и человеческих связей.
